Μία δεύτερη πολύ σημαντική διάκριση μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα απέσπασε το Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Σύμφωνα με τη νέα λίστα αξιολόγησης Πανεπιστημίων σε διεθνές επίπεδο, που δημοσίευσε το Πανεπιστήμιο Leiden για το 2014, έξι ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα της Ελλάδας, ανάμεσα τους και το Πανεπιστήμιο Κρήτης, συγκαταλέγονται ανάμεσα στα καλύτερα του κόσμου.
Συγκεκριμένα το Πανεπιστήμιο Κρήτης συγκαταλέγεται ανάμεσα στα 500 καλύτερα πανεπιστήμια του κόσμου, ενώ στον τομέα των φυσικών επιστημών καταλαμβάνει την 5η θέση στην Ευρώπη.
Η αξιολόγηση των πανεπιστημίων έγινε λαμβάνοντας υπόψη την ερευνητική παραγωγή, τις επιστημονικές δημοσιεύσεις -κριτήριο θεμελιώδες για την κατάταξη των πανεπιστημιακών ιδρυμάτων διεθνώς- και την απήχηση των πανεπιστημίων στο διάστημα 2005-2009.
Ετσι, σύμφωνα με αυτήν, το Πανεπιστήμιο Κρήτης κατατάσσεται στην εκατοστή τεσσαρακοστή ένατη (149) θέση μεταξύ των 400 ευρωπαϊκών πανεπιστημίων και στην τριακοστή εικοστή τέταρτη (324) θέση μεταξύ των 500 μεγαλύτερων πανεπιστημίων παγκοσμίως, ενώ καταλαμβάνει την πρώτη θέση μεταξύ έξι ελληνικών πανεπιστημίων που περιλαμβάνονται στη συγκεκριμένη λίστα.
Στη λίστα του Πανεπιστημίου του Leiden συγκαταλέγονται και τα έξι καλύτερα πανεπιστήμια στην Ελλάδα, με το Πανεπιστήμιο Κρήτης να κατατάσσεται στην πρώτη θέση, ενώ ακολουθούν το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, το Αριστοτέλειο, το Πανεπιστήμιο Πατρών και το Εθνικό Καποδιστριακό Αθηνών.
